Състоянието на щитовидната жлеза хормон дефицит присъства на раждането. Приблизително 1 на 4000 новородени има тежък дефицит на функцията на щитовидната жлеза, а още повече са леки или частично градуса. Ако не се лекува за няколко месеца след раждането, вроден хипотироидизъм може да доведе до интелектуални затруднения като постоянно умствено изоставане и необичайни растежа. В САЩ и много други страни, всички новородени са изследвани за вродени хипотиреоидизъм. Ако лечението започва в първия месец след раждането, бебета обикновено се развиват нормално.

Лечение обикновено се състои от дневна доза от хормони на щитовидната жлеза (тироксин) през устата. Защото третирането е прости, ефективни и евтин, почти всички от развитите световни практики новородените скрининг за откриване и лечение на вроден хипотиреоидизъм в първите седмици от живота.