Сравнението на картата местоположението на гени между видовете. Резултатите от тези сравнения показват съществени запазване на блокове на гените и дори големи сегменти на хромозоми между видовете. Голяма може да се използва този опазването на карта позиция. Например, при бозайниците, това означава, че ако ген е изобразена в едното или двете от интензивно картирани видове (хората и мишките), тогава вероятно мястото на същия ген в други бозайници може да се предвиди с голямо доверие. И обратно, ако нанесени анонимни ДНК маркер има ефект върху количествени черта (това е показателно за маркер е свързан с количествена характеристика Локус (QTL)), казват, едър рогат добитък, а след това познаване на сравнителните картата между хората и добитъка могат да идентифицират гените в хомоложни района на човешкия геном, които да съответстват на QTL. Такива гени се наричат сравнителни позиционен кандидат гени (q.v.).