Малка стъклена повърхност, към която е определено масив от ДНК фрагменти, всеки с определено местоположение. A типичен ДНК чип ще съдържа 10 000 отделни петна (всяка от които съдържа различни ДНК фрагмент) на площ от няколко квадратни сантиметра. Когато разтвор на fluorescently етикетирани ДНК фрагменти е hybridized за чип, петна, към които се проявява хибридизацията се виждат като флуоресценцията. Ако петната върху чип са гени (изразени последователност тагове, q.v.), хибридизация с кДНК от специална тъкан показва кои гени са изразени в тази тъкан. Ако петната са кратки, синтезира олигонуклеотиди (приблизително 25 бази), съответстваща на онази част от един ген, съдържащ единични нуклеотидни полиморфизми (SNP)(q.v.), с отделно място за всеки един от 4 възможни бази в този сайт, хибридизация с геномната ДНК от растение или животни позволява, че отделните за определяне на генотип в колкото се може повече SNP loci като са представени на чип. Голямо предимство на ДНК чипове е степента, до която в процеса на генотипа могат да бъдат автоматизирани, което позволява на огромен брой растения или животни да бъдат генотип за огромен редица loci.